W mieście znajduje się kilka ważnych obiektów, najważniejsze z nich to Stary Kościółek i Bazylika poświęcona Matce Bożej Łaskawej, opiekunce miasta. Obraz z namalowaną Matką Bożą Łaskawą z XIII wieku, jest na głównym ołtarzu w kościółku.
Stary Kościółek z 1540 roku, w którym Ojciec Pio miał posługę, na przestrzeni lat był wielokrotnie remontowany i przebudowany. W środku wierni i turyści mogą zobaczyć, kilka miejsc związanych z Ojcem, takich jak boczny ołtarz św. Franciszka przy którym celebrował msze święte w latach 1945 – 1959, konfesjonał po lewej stronie w którym od 1935 roku spowiadał kobiety. Mężczyźni, zgodnie z ówczesnym zwyczajem byli spowiadani w zakrystii. Najważniejsze miejsce w tym kościele to chór zakonny, na którym Ojciec Pio otrzymał pod cyprysowym krzyżem stygmaty.
W latach 1956 do 1959, była budowana Bazylika z powodu coraz większej liczby wiernych przybywających do San Giovanni Rotondo. Centralne miejsce zajmuje ołtarz, a po jego prawej stronie są organy składające się z 4860 piszczałek. Udostępniono do zwiedzania też część kompleksu kapucynów, by turyści mogli zobaczyć w jakiej celi mieszkał i żył Ojciec Pio. Poniżej znajduje się krypta, w której od śmierci Ojca w 1968 roku, spoczywały jego szczątki. Dziś jego relikwie i szczątki można oglądać w nowym Kościele pod wezwaniem Świętego Ojca Pio. Świątynia może pomieścić 10 tysięcy wiernych, a została wybudowana w 2004 roku. To w niej, w główny filarze znajduje się relikwia Świętego. Obok sanktuarium usytuowany jest Dom Ulgi w Cierpieniu „Casa del Sollievo”, jeden z największych ośrodków medycznych we Włoszech.
Na Gargano w San Giovanni Rotondo warto wybrać się do Monte Sant’Angelo, oddalonego o 26 km. Początki tego sanktuarium sięgają V wieku, kiedy objawił się tutaj na górze św. Michał Archanioł. Wzgórze wznosi się na wysokość 843 metrów n.p.m. Monte Sant'Angelo to ważne centrum kulturalne, można tam zobaczyć Bazylikę, wieżę dzwonniczą, fontannę z figurą Świętego Michała Archanioła, grób Rotari, Opactwo Świętej Marii Pulsano „Badia di Santa Maria di Pulsano”, zamek czy dzielnicę Rione Junno.
Do groty w której objawił się Archanioł schodzi się schodami, warto zwrócić uwagę, również na ołtarz z prawej strony św. Franciszka, przy wejściu.
Od kilkunastu lat opiekę nad sanktuarium sprawują polscy księża michaelici, dlatego turyści z Polski mogą zwiedzać Monte Sant'Angelo z polskojęzycznym przewodnikiem. Godziny trzeba dostosować do otwarcia, Sanktuarium Matki Bożej Pośredniczki Łask (Santa Maria delle Grazie) Sanktuarium Matki Bożej Pośredniczki Łask: 06.00 – 21.15. Krypta: 07.00-19.00 (możliwość zejścia do krypty, gdzie spoczywają doczesne szczątki Świętego Ojca Pio). Cela i krzyż stygmatów: 07.00 – 19.00. Sala przyjmowania pielgrzymów przed południem 07. 30 - 12.30 / po południu 15.30 - 18.30.
